繼續(xù)延續(xù)上一的劇情，原來德受了騙，及發(fā)覺錯誤后和考莉串通好來政府高層，以入一個“作為個普通FBI特別探員不該進的地方”搜集要的資料。本發(fā)展越來越精，一些沒有被全改造的混血星人聯(lián)合起來抗殖民陰謀。考莉被綁架時宮被移除，但年卻出現(xiàn)了她孩子——艾蜜。今年制作小甚至找了兩位名科幻小說家筆，客串寫出集劇本。另外年也有一集喜。整出X檔案為了配合電影的映，加入了一角色及內(nèi)容，辛迪加”組織陰謀越來越明，穆德再一次近事實的真相穆德前女友的現(xiàn)也對穆德與考莉間的關(guān)系出重大考驗。季結(jié)束于吸煙燒毀了所有X檔案卷宗?