數(shù)年前，人類以級(jí)戰(zhàn)艦“轟天號(hào)，在南極擊潰“吉拉”，并且將哥吉拉”封印在底下。但是地球除了“哥吉拉以外，還有許許多的怪獸，對(duì)各人類都市虎視眈。于是，人類成立了“地球防部”，專門(mén)對(duì)付 數(shù)年前，人類以超級(jí)戰(zhàn)艦轟天號(hào)”，在南擊潰“哥吉拉”并且將“哥吉拉封印在地底下。但是地球除了哥吉拉”以外，有許許多多的怪，對(duì)各大人類都虎視眈眈。于是，人類成立了地球防衛(wèi)部”，門(mén)對(duì)付各種怪獸入侵。而地球防衛(wèi)部最強(qiáng)大的員，就是當(dāng)年封哥吉拉的“轟天”以及其艦長(zhǎng)“格拉斯·戈登上”。此外，為了應(yīng)付怪獸對(duì)人?造成的困擾，地防衛(wèi)部特別甄選有特殊能力的人，這些“超人類擁有普通人類所有的“M染色體”，讓這些人類擁比普通人更強(qiáng)大體能跟敏捷性，應(yīng)付怪獸的攻擊其中的佼佼者就“尾崎真一少尉。就在不久之前，人們挖到一巨大怪物的遺骸而且怪物擁有機(jī)跟生物的本質(zhì)，疑能夠?qū)⑸锔?械結(jié)合起來(lái)的怪應(yīng)該來(lái)自于外太。不久，尾崎真一收到來(lái)自嬰島“小美人”的告，這個(gè)怪物是年被“魔斯拉”?封印的“蓋剛”蓋剛的出現(xiàn)代表人類的危機(jī)。就在蓋剛出土不，世界各地突然同一時(shí)間，遭受了各大怪物的攻，一時(shí)之間讓地防衛(wèi)部忙的焦頭額。但是突然出現(xiàn)的神秘飛行，卻將這些怪物部都帶走。這些自稱“X星人”的外星來(lái)訪客，明自己是人類的友，要跟人類建起同盟關(guān)系，更稱有一個(gè)巨大的球即將撞上地球。但是在尾崎真一還有道格拉斯人的調(diào)查之下，現(xiàn)根本就沒(méi)有神星球要撞擊地球。而那些怪獸根本就是外星人侵地球所釋放的，X星人根本是要把類當(dāng)作糧食來(lái)利。雖然外星人的真面目被揭穿但是外星人擁有可思議的超能力還有手下聽(tīng)命于星人的巨大怪物。地球防衛(wèi)軍最后被殲滅，只剩轟天號(hào)還茍延殘著。此時(shí)，道格拉斯想出一個(gè)膽的計(jì)策，就是開(kāi)南極哥吉拉的印，讓代表地球強(qiáng)大怪物的哥吉，去面對(duì)這些外來(lái)的侵略者...